17 yaşındaki Codename 13, suikastçılıkta ustalaşmış bir elemandır, ancak Japonya'daki bir görevdeki hatası nedeniyle akıl hocası Umbra tarafından Endonezya'nın Cakarta şehrine sürgün edilir. Orada, annesini bir suç örgütüne kaptırmış 11 yaşındaki Monji ile tanışır. Monji’nin kaybolmasıyla 13, onu kurtarmak için harekete geçer. Bu karar, onu sadece suç örgütlerine değil, Gölge'ye ve Umbra'ya karşı da çıkarır. Artık Monji'yi kurtarmak için her şeyi göze almaya hazırdır.