Bebekler Karıştı 2 dizi, Liv ve Malte ile Cecilie ve Andreas, aynı doğum kliniğinde tedavi gören iki çifttir. Çocukları Sille ve Leo, farklı dünyalarda büyürken bir sağlık kontrolünde ortaya çıkan gerçek her şeyi değiştirir: Çocuklar biyolojik aileleriyle büyümüştür. Bu beklenmedik durum karşısında, iki aile çocuklarını ayırmak yerine bir araya gelerek kolektif bir yaşam sürmeye karar verir.
Başlangıçta uyumlu görünen bu düzen, farklı ebeveynlik tarzları ve beklentiler nedeniyle kısa sürede çatışmalara dönüşür. Cecilie, biyolojik kızı Sille’ye gizlice velayet planları yaparken, bu durum açığa çıktığında iki aile arasında büyük bir kopuş yaşanır. Şimdi Cecilie, yaptığı hataları düzeltip bu sıra dışı aileyi yeniden bir araya getirmek için mücadele etmek zorundadır.