Hukuk dünyasında keskin zekası ve kusursuz stratejileriyle tanınan avukat Rita, başarılı bir kariyere sahip olsa da vicdanı giderek ağır bir yük haline gelmiştir. Adaleti sağlamak yerine, suçluların aklanmasına yardımcı olduğu gerçeği onu yavaş yavaş tüketmektedir. Tam her şeyin değişmeyeceğini düşündüğü anda, karşısına sınırları zorlayan bir teklif çıkar.
Meksika'nın en korkulan kartel patronlarından Juan Manitas Del Monte, geçmişini tamamen silmek ve yeni bir kimlikle hayata başlamak istemektedir. Ancak onun arzusu yalnızca kaçmak değil, yıllardır bastırdığı kimliğine kavuşarak Emilia Perez olarak yeniden doğmaktır. Bunu gerçekleştirmek için Rita’ya işbirliği teklif eder. Plan kusursuz görünmektedir: Sahte bir ölüm, yeni bir kimlik, cerrahi müdahaleler ve sıfırdan inşa edilen bir hayat. Rita, kendini bu dönüşümün mimarı olarak bulur ve Juan’ı Emilia'ya dönüştürmek için harekete geçer.
Fakat geçmiş, kolay kolay silinmez. Emilia yeni hayatına adım attığında, kartelin düşmanları, ihanete uğramış eski iş ortakları ve gölgelerde bekleyen tehditler Rita’yı da içine çeken bir kaosa yol açacaktır. Artık sadece bir avukat değil, bir suç imparatorluğunun hedefi haline gelmiştir. Bu oyunun içinde kalmak da çıkmak da aynı derecede tehlikelidir.