Dünya, hızla yaklaşan bir gıda felaketinin eşiğindedir. Organik ata tohumları ihmaller yüzünden yok olmakta, yerlerini genetiği değiştirilmiş, sağlıksız ürünler almaktadır. Ancak bu felaket tesadüfi değildir; arkasında gıda pazarını tekeline almak isteyen, kötücül Profesör Ali Cengiz Kapkara vardır. Ata tohumlarını ortadan kaldırarak dünyayı kendi üretimi olan sahte gıdalara mahkûm etmeyi amaçlamaktadır. Son kalan ata tohumu, büyük bir törenle ekilecekken ansızın bir karga tarafından çalınır. Ancak bu bir tesadüf değildir; tohumu çalan, yıllardır tohumları yok eden Profesör Kapkara’nın ta kendisidir.
Köstebekgiller, Deniz ve kardeşi Arda, bu tehlikenin farkına vardıklarında harekete geçer. Onların hedefi, ata tohumlarını geri alıp doğanın dengesini yeniden sağlamaktır. Ancak asıl kader anı, yeraltında saklı “Köstebekya”da yaşanacaktır. Ulu bir ağacın kökleri altında saklanan kadim tohum, tam güneş tutulması sonrası ilk ışık huzmeleriyle canlanacaktır. Eğer bu gerçekleşirse dünya yeniden bereketine kavuşacaktır. Bu bilgiyi öğrenen Profesör Kapkara, daha fazla beklemez ve Köstebekya’yı bulup kadim tohumu ele geçirir.
Ancak Boyo, Süslü, Kösteban ve aralarına sızan Cici, pes etmeyeceklerdir. Profesörün hain planlarını bozmak ve tohumu geri almak için büyük bir kovalamaca başlar. Artık bu mücadele sadece bir tohumun değil, tüm dünyanın geleceğini kurtarmanın savaşıdır.
Ekin Pandır’ın yönetmenliğini üstlendiği macera, aile, animasyon ve komedi filminin oyuncu kadrosunda Beren Gökyıldız, Pınar Altuğ, Beyti Engin, Mehmet Aybars Kaya ve Jennifer Boyner gibi isimler oynamaktadır.