İlk filmde Kobo'nun ihanetine uğrayarak kendi ırkından büyük kayıplar yaşayan Sezar, insanlığın affetmeye niyetli olmadığını bilerek, savaşa hazırlık yapmaya başlar. Üç yıl sonrasında devam eden serinin bir diğer bölümü olan "Maymunlar Cehennemi: Savaş," önceki filmdeki olayların ardından Sezar'ın liderliğindeki maymunların karşı karşıya olduğu çetin savaşı konu alır. Sezar, savaş istemese de barışı seçmeye çalışsa da, insanlık adına savaşan acımasız Albay, maymunları yok etmek için her türlü yöntemi kullanır. Ancak Sezar, Albay karşısında boyun eğmeye niyetli değildir. İki taraf arasındaki çatışma giderek tırmanırken, Sezar'ın liderliğindeki maymunlar, hayatta kalma mücadelesi verirken aynı zamanda özgürlükleri için savaşırlar. Albay'ın zalimce taktikleri ve Sezar'ın direnişi arasındaki çatışma, her iki ırkın da kaderini belirleyecek bir yüzleşmeye dönüşür. Şimdi, maymunlar ve insanlar arasındaki bu çekişmenin sonunda hangi tarafın kazanacağı, iki ırkın geleceğini belirleyecektir.