Brezilya'nın ücra köylerinde meydana gelen garip ve tüyler ürpertici bir olay, Vatikan'ın dikkatini çekmiştir. Köylüler, bir İsa heykelinin gözlerinden kan aktığını iddia ettiklerinde, olay tüm basının dikkatini çeker ve Vatikan bu esrarengiz durumu araştırmak için somut bir adım atmak zorunda kalır. Rahip Andrew Kiernan, alanının en tecrübeli ismi olarak, olayı incelemek üzere yola koyulur. Ancak, bu sırada Amerika'daki bir şehirde Frankie Paige adındaki bir kadının vücudunda ortaya çıkan tuhaf yaralar da Vatikan'ın dikkatini çeker. Çünkü bu yaralar, doğaüstü bir fenomen olan Stigmata ile ilişkilidir ve İsa'nın zamanından günümüze kadar uzanan mistik bir mesajın varlığına işaret etmektedir. Rahip Kiernan, bu iki karmaşık durumu araştırırken, 1900 yıl süren inançlarını derinlemesine sorgulama yoluna girecektir.